{{dato|El 9 y 10 de julio de 1882, en el marco de la Campaña de la Sierra de la Guerra del Pacífico, 77 chilenos resultaron rodeados por unos 1800 soldados y montoneros enemigos en el poblado de La Concepción. Los comandaba '''Ignacio Carrera Pinto''', nieto de '''José Miguel Carrera''', sobrino-nieto de '''Francisco Antonio Pinto''' y sobrino de '''Aníbal Pinto'''. Se parapetaron en un convento, al que los peruanos rociaron con combustible y luego prendieron fuego. Entre gritos, cañonazos y silbidos de balas se escuchó el llanto de un niño. Una de las cantineras dio a luz en medio del fragor de la batalla. Todos y cada uno de los chilenos resultó aniquilado en lo que un subteniente calificó de “homérica lucha de 30 horas”. Los restos mortales fueron a continuación mutilados. Cuando arribaron nuevas fuerzas chilenas, anonadados ante el macabro espectáculo, fusilaron a 18 de los 20 habitantes que quedaban en el poblado. Los corazones de los cuatro oficiales fueron extraídos y conservados en frascos llenos de alcohol. Hoy reposan en la catedral de Santiago, al costado derecho del ingreso se puede encontrar la urna de mármol. Es en memoria de esta gesta que Carrera Pinto protagoniza los billetes de $1.000, y que cada 9 de julio el Ejército celebra el solemne Juramento a la Bandera.}}

El templo, de altura demasiado baja en relación al área a consecuencia del temor a los terremotos, generaba un conjunto lóbrego. Las tres naves generaban "una tétrica oscuridad", en palabras de Thaddaeus Haenke, que la conoció en 1794. En 1899 el Arzobispo '''Monseñor Mariano Casanova''' encargó al arquitecto italiano '''Ignacio Cremonesi''' la transformación de la Catedral. Las obras incluyeron estuco en los muros de piedra, la supresión de las vigas de cedro y el artesonado de madera del interior, adornándola con pinturas y aplicaciones de estuco y yeso. Con esas intervenciones perdió su primitivo estilo colonial y adquirió el carácter moderno renacentista que aún mantiene.