Los hermanos '''Agustinos''' tomaron posesión de los terrenos que se encontraban entre las actuales calles Agustinas, San Antonio, Moneda y Estado el 31 de marzo de 1595, luego de haberlos comprados a Alonso de Riberos y Catalina de Riberos, abriendo . Edificaron ahí una pequeña iglesia, cuya puerta daba a la actual calle San Antonio esquina Moneda. En diciembre de ese año, desconocidos prendieron fuego al convento y a la iglesia, quedando que quedó totalmente destruida, solo quedó . Solo resistió el lienzo de San Agustín, lo que se consideró como un milagro.

En 1601 los Agustinos compraron a Francisco Sáez de Mena el solar donde hoy se encuentra la Iglesia de San Agustín. Las obras del actual templo comenzaron en 1608, construcción que fue destruida por el terremoto de 1647, cuando estaba por finalizar. Sólo se salvó una escultura tallada en madera, El Señor de la Agonía, más conocida como el '''Cristo de Mayo''', cuya corona de espinas bajó hasta el cuello, quedando la figura intacta. Pero un nuevo terremoto en 1730 volvió a dañar el templo, lo que obligó a restaurarla.

En mayo de 1647 comenzó a temblar en plena noche en Santiago, durante un lapso que testigos cifraron en “tres o cuatro credos”. El obispo escribió que el polvo oscureció la luna “poniendo tan grande horror en los hombres que aun los más cuerdos creían que veían los preámbulos del juicio”. Aun cuando no se registraron saqueos, a modo ejemplar se ahorcó a un esclavo negro que en medio del desconcierto había afirmado ser hijo del rey de Guinea.  Una de las pocas cosas que quedó en pie fue una efigie de Cristo en esta Iglesia, que sobrevivió intacta. Salvo por la corona de espinas, que cayó al cuello. En vista de que fracasaron los intentos por devolver la corona a su posición original, hasta el día de hoy sigue ahí. Se lo conoce como el '''Cristo de Mayo''', en referencia a la fecha del terremoto.  Al mes siguiente las ruinas fueron cubiertas por una inusual nevazón de tres días, que castigaba a una maltrecha comparsa de sobrevivientes ya casi sin reservas de leña. Poco después, golpeó una severa plaga de tifus vino a cuestionar si acaso era mejor no haber nacido. Entre el sismo, el tifus, el hambre y la hipotermia hubo casi cuatro mil muertos o desaparecidos. Desde ese fatídico 1647, cada 13 de mayo se efectúa una procesión en honor del Cristo de Mayo. En estos casi cuatro siglos, solo le hemos fallado dos veces: el 13 de mayo de 1960, nueve días antes del terremoto más destructor del siglo XX, y el 13 de mayo de 2009, nueve meses y medio antes del más destructor del XXI . Durante el período colonial esta iglesia fue una de las más frecuentadafrecuentadas, y hoy sigue constituyendo un tradicional lugar de culto.