En cuanto a su arquitectura, el conjunto, es esencialmente colonial, pero debido a la recepción de aportes arquitectónicos desde que empezó su construcción hasta el siglo XIX, puede definirse en una obra hispánica en su concepción y ejecutada de forma mestiza casi ecléctica, este estilo caracteriza las construcciones de la época, erigidas gracias a los aportes recibidos a través de su historia. En este caso se puede apreciar el aporte musulmán que está excepcionalmente testimoniado en el artesonado, y el indígena en las obras de arte que alojaron los inmuebles y el neoclasicismo republicano está corporizado en su sobria torre. Llegando a la conclusión que la '''Iglesia y el Convento de San Francisco de Santiago''' es un testimonio excepcional de la síntesis cultural que se dio en América a partir de la conquista española.

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