1392
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Recién en 1572 se dio inicio a la construcción de la iglesia, a cargo de '''Fray Antonio''', arquitecto de la época. Se construyó un templo sencillo, de adobe, el cual fue destruido por un terremoto en 1583, por lo tanto, recurrieron en busca de recursos a los feligreses y al rey '''Felipe II''' para comenzar una nueva construcción. Esta finalizó por fin en 1618 gracias a la mano de obra indígena, casi medio siglo después de iniciada. Debido a las condiciones sísmicas esta construcción se llevo a cabo en bloques de piedras, los cuales aún son visibles y palpables en la actualidad. Sus pilares y vigas son de madera, al igual que la techumbre [[Glosario#A|artesonada]] de la nave central de estilo mudéjar, realizada por '''Mateo de Lepe''', agrimensor chileno.
La Iglesia de San Francisco es conocida por haber resistido múltiples fatalidades como incendios, terremotos y saqueos. El 13 de mayo de 1647 sufrió las consecuencias del catastrófico terremoto que dio origen a la tradición del [[Iglesias_históricas_del_centro_de_Santiago#Estación_2:_Iglesia_de_San_Agustín|Cristo de Mayo]]), pero logró resistir casi en su totalidad. ¿Cómo ha logrado mantenerse en pie y resistir ese cataclismo, y en total más de 15 sismos sobre magnitud 7? Las investigadoras y arquitectas '''Natalia Jorquera''' (arquitecta) y '''Catalina Soto''' (arqueóloga) se adentraron en el subsuelo de la iglesia y postulan que sus fundaciones, construidas en 1586, son una de las primeras estructuras sismorresistentes en Chile en base a la calidad de los materiales empleados, la mano de obra, las características del suelo y el tipo de cimientos encontrados en la excavación. Ver [https://scielo.conicyt.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-69962016000200013 la extraordinaria publicación].
{{cita|Aunque quedó algo molida, se reservó de la ruina por tener tan valiente enmaderación de unas maderas muy gruesas y muy juntas, con canes y sobre canes, y vigas que la abrazan, embebidas en la misma pared, haciendo solamente batería y derribando una hermosa torre que estaba arrimada al coro.|Cronista contemporáneo, citado por '''De Ramón, Armando''', ''Santiago de Chile (1541-1991): Historia de una sociedad urbana''}}
