1961
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Tras la expulsión la iglesia dejó de funcionar. Eso hasta 1769, cuando se rehabilitó producto de un incendio en la Catedral que en el momento se construía, y comenzó a galletear como Catedral.
En 1841 , colegiales del Instituto Nacional soltaron un chuncho en llamas, el ave se posó en el campanario y desató un voraz incendio consumió la torre principal y derrumbó parte de las estructuras. Su reparación tomó seis años, pero al parecer no se consideró ninguna precaución para evitar un nuevo desastre. En 1858, el ingeniero '''Eduardo Hanson''' propuso al '''Presbítero Ugarte''', quien estaba a cargo de la iglesia, instalar redes de abastecimiento de gas hidrógeno para la iluminación interior. El sacerdote sólo hizo colocar el sistema en algunos sitios, optando por una iluminación con velas y candelas de gas y aceite, otra decisión que luego se lamentaría.
El 8 de diciembre de 1863, 2000 a 3000 personas celebraban adentro el día de la Purísima, último del Mes de María. En el templo se habían encendido imprudentemente más de 7 mil luces (se llegó a hablar incluso de 15 mil). Solo el altar mostraba más de 2 mil luces. Aparentemente, la ruptura de un quemador de gas líquido cuando se iniciaba la ceremonia provocó la tragedia. El fuego se propagó a toda velocidad lo que produjo la estampida de los fieles mientras las llamaradas ascendían a la cúpula, y comenzaban a caer las tablas y vigas del techo. Los aparatosos vestidos de las mujeres, la inmensa mayoría de la feligresía, dificultaron aún más el escape. Lo peor es que '''las puertas se abrían hacia adentro''', de manera que la masa humana que presionaba por salir impedía a quienes estaban en primera fila abrirlas. Murieron alrededor de 2.000 personas encerradas, mientras numerosos testigos impotentes contemplaban la hecatombe a pocos metros de distancia.
