1961
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Se decidió intervenir y ampliar la iglesia en 1684 construyendo capillas laterales a ambos lados de la nave central, cuando ambos costados operaban como cementerio. Con esta intervención se perdió la planta de cruz latina y adoptó la fisonomía que conserva hoy en día, es decir, '''una nave central y dos laterales'''. Llegando a fines de siglo (1698), se reconstruyó la torre y el segundo piso del claustro que se habían visto afectados por el terremoto de mayo de 1647.
{{dato|En lo que constituye un maravilloso aptónimo de la historia de ChieChile, la música y letra de la obra de teatro "La pérgola de las flores", que hace referencia al mercado ubicado justo frente a la iglesia, fue realizada por Francisco '''Flores del Campo'''.}}
Casi cien años después, en 1751, la Iglesia de San Francisco volvió a sufrir otro terremoto. Esta vez ''“se inclinó peligrosamente la torre del templo, sufriendo daño notable el tabernáculo de la Virgen del Socorro y el antiguo retablo.”''(2) La torre resultó gravemente dañada. Dado que representaba un peligro para los transeúntes fue derribada para construir por tercera vez una nueva.
