1953
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Se decidió intervenir y ampliar la iglesia en 1684 construyendo capillas laterales a ambos lados de la nave central, cuando ambos costados operaban como cementerio. Con esta intervención se perdió la planta de cruz latina y adoptó la fisonomía que conserva hoy en día, es decir, '''una nave central y dos laterales'''. Llegando a fines de siglo (1698), se reconstruyó la torre y el segundo piso del claustro que se habían visto afectados por el terremoto de mayo de 1647.
{{dato|En lo que constituye un maravilloso aptónimo de la historia de Chile, la música y letra de la obra de teatro "''La Pérgola de las Flores''", que hace referencia al mercado ubicado justo frente a la iglesia, fue realizada por Francisco '''Flores del CampoFLORES DEL CAMPO'''.}}
Casi cien años después, en 1751, la Iglesia de San Francisco volvió a sufrir otro terremoto. Esta vez ''“se inclinó peligrosamente la torre del templo, sufriendo daño notable el tabernáculo de la Virgen del Socorro y el antiguo retablo.”'' La torre resultó gravemente dañada. Dado que representaba un peligro para los transeúntes fue derribada para construir por tercera vez una nueva.
{{fijarse|
* La antiquísima Virgen del Socorro, ubicada en el altar.
* Antiguamente se enterraban a los muertos en las iglesias, por lo que todavía se . Se pueden ver en su el interior las placas de mármol con los nombres de los difuntos aquí enterrados aquí.
* Al costado sur de la Iglesia se encuentra el Convento que se compone por cuatro claustros y un refectorio, el cual hoy se utiliza como Museo Colonial, en donde se exponen diversas pinturas y objetos de la época.
* La placa conmemorativa donde está la pileta, frente a la entrada, señala que en ese lugar existió la famosa Pérgola de las Flores. Esto actualmente es un falso histórico, ya que FALSO: la Pérgola no se ubicaba en el lugar señalado, sino en la mitad de la Alameda, en su antiguo bandejón central. Frente a la pérgola esta el Hotel San Francisco Kempinski, una de las ubicaciones pasadas de los [[Barrio_Cívico#Estaci.C3.B3n_6:_Juegos_Diana|Juegos Diana]].
* En las murallas del Museo Colonial permanecen los 42 lienzos que narran la vida de San Francisco y que fueron realizados en Perú y que datan de 1684.
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