{{dato|En esta Iglesia descansan los restos de múltiples personas destacadas. Una de ellas es el arquitecto '''Joaquín Toesca''', artífice de varios edificios públicos de nuestra ciudad, siendo el más conocido el '''Palacio de La Moneda'''. Una placa en el costado derecho del acceso conmemora este hecho.}}

Se decide intervenir y ampliar la iglesia en 1684 construyendo capillas laterales a ambos lados de la nave central, siendo ambos costados un cementerio. Con esta intervención se pierde la planta de cruz latina y adopta la forma que conserva hoy en día, es decir, '''una nave central y dos laterales'''. Llegando a fines de siglo (1698), se decide reconstruir la torre y el segundo piso del claustro que se habían visto afectados por el terremoto de 1647.

Casi cien años después, en 1751, la Iglesia de San Francisco vuelve a sufrir otro terremoto en donde ''“se inclinó peligrosamente la torre del templo, sufriendo daño notable el tabernáculo de la Virgen del Socorro y el antiguo retablo.”'' Quedando la torre gravemente dañada y siendo un peligro para los transeúntes del lugar, se decide derribar la torre y construir por tercera vez una nueva.