Tras el voraz incendio de 1948, quedó totalmente destruido el hospital junto con gran parte de la facultad. Fue demolido en 1952, dando paso a la construcción de la nueva '''Facultad de Medicina de la Universidad de Chile'''. Quedó como recuerdo de este conjunto hospitalario la '''Capilla del Antiguo Lazareto de San Vicente de Paul''', sobreviviente casi intacto. Solo hay dos restauraciones registradas. La primera surge en 1994, gracias al aporte de un empresario anónimo, que permitió restaurar 18 vitrales. Tres años más tarde se renovar el interior de la capilla por completo, sin modificar la obra estructural.

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