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En el interior de la iglesia se conservan varias obras de arte, entre ellas el Cristo de la Agonía o Santo Cristo de Burgo, de madera policromada realizada por el escultor español Martínez Montañés. Al lado se encuentra el púlpito dorado y policromo realizado en el siglo XVIII con un estilo barroco alemán. En la torre izquierda se encuentra una enorme campana grabada con un carillón alemán, el primero de Santiago, inaugurado en 1928. En el segundo piso del convento está el pequeño Museo de La Merced y en el patio se conserva un tranquilo jardín que forma el claustro.

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File:IMG_20190122_112241.jpg|Lateral por calle Merced de la Basílica