En su interior, la iglesia presenta tres naves paralelas, separadas por gruesas columnas que sostienen arcos de medio punto. La nave principal está separada por un arco toral que conforma el presbiterio y el coro. Ese espacio es de inspiración colonial, pero en las transformaciones ejecutadas en la fachada y en las torres, se impuso lo neoclásico.

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File:IMG_20190122_111118.jpg|Acceso lateral por calle Agustinas

File:IMG_20190122_110913.jpg|Interior de la Iglesia de San Agustín

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===Estación 3: Basílica de la Merced===