Recién en 1572 se da inicio a la construcción de la iglesia. Enfrentando muchas dificultades, entre ellas terremotos, su construcción finaliza el año 1618. La Iglesia de San Francisco es conocida por haber resistido múltiples fatalidades como incendios, terremotos y saqueos. El 13 de mayo de 1647 sufre las consecuencias de un terremoto, pero logra resistir casi en su totalidad. ''“…Aunque quedó algo molida, se reservó de la ruina por tener tan valiente enmaderación de unas maderas muy gruesas y muy juntas, con canes y sobre canes, y vigas que la abrazan, embebidas en la misma pared, haciendo solamente batería y derribando una hermosa torre que estaba arrimada al coro.”''

{{dato|En esta Iglesia descansan los restos de múltiples personas destacadas. Una de ellas es el arquitecto '''Joaquín Toesca''', artífice de varios edificios públicos de nuestra ciudad, siendo el más conocido el '''Palacio de La Moneda'''. Una placa en el costado derecho del acceso conmemora este hecho.}}

Se decide intervenir y ampliar la iglesia en 1684 construyendo capillas laterales a ambos lados de la nave central, siendo ambos costados un cementerio. Con esta intervención se pierde la planta de cruz latina y adopta la forma que conserva hoy en día, es decir, '''una nave central y dos laterales'''. Llegando a fines de siglo (1698), se decide reconstruir la torre y el segundo piso del claustro que se habían visto afectados por el terremoto de 1647.