Durante la remodelación la estación fue cerrada al público. Los servicios ferroviarios fueron desviados hacia la '''Estación Alameda''' a través del '''Túnel Matucana''', lo que ocasionó retrasos y con ello una significativa baja del número de pasajeros. En febrero de 1986, el trágico '''Accidente de Queronque''' provocó la suspensión definitiva de los servicios a Valparaíso. Esta tragedia ocurrió a cuatro kilometros de '''Estación Limache''', cuando en una curva el convoy '''AES-9''', se incrustó cinco metros en el tren que venía en sentido contrario. Los pasajeros de los asientos delanteros de ambas máquinas perecieron en el acto. Hubo 58 muertos y 510 heridos, 111 de ellos graves. Fue el broche de plomo a las funciones ferroviarias en la '''Circunvalación de Santiago'''.

En 1987, la '''Empresa de Ferrocarriles del Estado''' paralizó la remodelación y la '''Estación Mapocho''' cesó definitivamente sus operaciones de 73 años. El año siguiente se vendió a la '''CORFO''', institución que la convirtió en un espacio cultural. En 1991 se constituyó la '''Corporación Cultural de la Estación Mapocho'''. Se llamó luego a un concurso nacional para el rescate y reacondicionamiento del emblemático edificio.