En 1601 los Agustinos compraron a Francisco Sáez de Mena el solar donde hoy se encuentra la Iglesia de San Agustín. Las obras del actual templo comenzaron en 1608, construcción que fue destruida por el terremoto de 1647, cuando estaba por finalizar. Sólo se salvó una escultura tallada en madera, El Señor de la Agonía, más conocida como el Cristo de Mayo, cuya corona de espinas bajó hasta el cuello, quedando la figura intacta. Pero un nuevo terremoto en 1730 volvió a dañar el templo, lo que obligó a restaurarla.  Durante el período colonial esta iglesia fue una de las más frecuentada, y hoy sigue constituyendo un tradicional lugar de culto.